Здравствуйте хотела бы купить сыну билет на самолёт , но не знаю покупать на паспорт или на военный

Необходимо чтобы Ваш сын в части уточнил выдают ли ВПД на самолет до пункта назначения. Но скорее всего выпишут ВПД на поезд в плацкартный вагон, тогда по приезду домой Вы можете получить компенсацию за неиспользованный ВПД.
В военкомате по месту постановки на учет предъявите неиспользованные ВПД, билет на самолет и напишите рапорт на возврат денег. Расчет будет по плацкартному вагону пассажирского поезда.

И побольше справок всяких наберите, в армии любят бюррократию.